События картины развиваются в недалеком будущем, когда технический прогресс шагнул далеко вперед, что позволило людям радикально изменить свою жизнь. Стали появляться специальные импаланты замещающие различные части тела и повышающие физические и умственные способности. Наряду с этим и преступность вышла на совершено иной уровень, теперь злодеи в первую очередь ведут охоту за информацией, взламывая мозг людей. Самым опасным и могущественным из них является некий человек по прозвищу Кукловод, что все чаще атакует влиятельных и богатых людей, забирая все необходимые для себя данные. С целью борьбы с подобными людьми было создано специальное подразделение обеспечивающее кибер безопасность. Во главе организации стоит очаровательная и чертовски опасная Мокото Кусанаги, обладающая телом дроида и совершено ничего не помнящая о прошлом. Она слепо повинуется приказам начальства, не подозревая о том, кем в действительности является, и лишь Кукловод знает о ее загадочном прошлом.