Продолжение уже культовой манги, про дерзкого парня по имени Наруто, который посвятил всю свою жизнь тому, чтобы стать одним из величайших ниндзя всех времен и народов, тем самым добиться уважения среди друзей.
Действие мультсериала разворачивается спустя 3 года, после того, как обучение Наруто и его друзей было закончено. Герои многому научились за это время. Они сражались с могучими врагами, спасали невинных жителей, работали телохранителями и побывали в самых разных опасных ситуациях. Они создали свою команду, в которую вошли Наруто, Саске, Сакура и сенсей Какаси, и стали называть себя «Команда №17». Чуть позже они переименовались в «Команда Какаси». 
Спустя пару лет долгих тренировок, герои возвращаются домой в родную деревню, скрытую в листьях. Они застают деревню в разрушенном виде. Из рассказов жителей герои узнаю, что это дело рук врагов Какаси. Некий ниндзя Ацуки вместе со своими людьми напал на деревню, но жителям удалось отбить атаку. При этом они понесли огромные потери. Пока население занимается восстановлением деревни, «Команда Какаси» отправляется на поиски Ацуки, чтобы отомстить ему.